Gedung Museum Gunung Merapi terdiri dari dua lantai, ketika berada di dalam museum kamu akan diarahkan ketika hendak melihat koleksi-koleksi yang ada.
Puas mengamati setiap koleksi di lantai satu, saatnya menilik apa yang ada di lantai dua museum. Setidaknya ada sembilan tipe benda koleksi dan alat peraga yang tersimpan di sana, mulai dari display letusan dan erupsi Merapi, lorong peraga simulasi LCD, peraga simulasi tsunami hingga peraga simulasi gempa. Masing-masing koleksi tersebut berhasil menarik perhatian tiap pengunjung, apalagi koleksi alat peraga yang ada masih berfungsi dengan baik. Jadi jangan heran bila tiap pengunjung dapat melihat tsunami dan gempa bumi mini yang dahsyat namun tak membahayakan.