Museum Gumuk Pasir (Jawa: ꦩꦸꦱꦶꦪꦸꦩ꧀ ꦒꦸꦩꦸꦏ꧀ ꦥꦱꦶꦂ, translit. Musiyum Gumuk Pasir) adalah museum yang terletak di Pantai Parangtritis dan Pantai Parangkusumo, tepatnya di Kecamatan Kretek, Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta.
Museum ini didirikan melalui perjanjian kerjasama antara Badan Koordinasi Survei dan Pemetaan Nasional dengan Fakultas Geografi Universitas Gadjah Mada sejak tahun 1992. Museum Gumuk Pasir kemudian berdiri secara resmi pada tanggal 1 September 2000, bertepatan dengan ulang tahun ke 37 Fakultas Geografi Universitas Gajah Mada (UGM) dan kemudian diresmikan oleh Ir. Sarwono Kusumaatmadja.