Museum Geologi terdiri dari bangunan dua tingkat. Dengan ruang orientasi, sayap barat, dan sayap timur adalah tiga ruangan di tingkat pertama. Peta geografi Indonesia yang menampilkan kegiatan geologi berbentuk animasi disimpan di ruang orientasi ini.
Di sayap barat terdapat ruangan untuk menyajikan data terkait teori asal usul bumi. Karena menyajikan beragam karakteristik geologi dari banyak pulau di Indonesia, ruangan ini dikenal sebagai Ruang Geologi Indonesia.
Sedangkan sayap timur untuk mempelajari lebih lanjut tentang evolusi kehidupan dari zaman prasejarah hingga sekarang.
Ruang di tingkat kedua menyajikan penambangan, pengeboran minyak, dan informasi tentang kelebihan dan kekurangan geologi manusia.